En la Reserva Nacional Tambopata se ha reportado la presencia de más de 632 especies de aves, 1,200 de mariposas, 103 de anfibios, 180 de peces, 169 de mamíferos y 103 de reptiles. EN su interior se encuentra hábitats saludables para la recuperación y refugio de poblaciones amenazadas de especies como el lobo de río , la nutria y felinos como el yaguarundi, el puma (Puma concolor), el jaguar, el ocelote o tigrillo y el margay. Entre las especies de primates se encuentra el maquisapa, el pichico, el pichico emperador, el coto mono, el mono cabecinegro, el mono choro, el fraile, el mono ardilla, el machín blanco y el machín negro. Otras especies de mamíferos que destacan entre la fauna silvestre son la sachavaca, la huangana, el sajino, el venado colorado, el venado gris y los perezosos de dos dedos y de tres.
En cuanto a las aves destaca la presencia del águila harpía, del águila crestada, del paujil común, del paujil unicornio y del paujil carunculado. En la Reserva Nacional tambopata se encuentra casi la totalidad de especies de guacamayos que habitan en el Perú.
Los reptiles están representados principalmente por la boa esmeralda, el loro machaco, la boa constrictora y la shushupe. También es común observar al caimán negro, al caimán blanco y a la taricaya.
Los peces también presentan una gran variedad, entre ellos destaca el boquichico, el zúngaro saltón, el yahuarachi, el dorado y el paco. Entre los peces no comerciales están el sábalo, la lisa y el bagre
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